La visita del Museo inizia con la sezione iconografica o “sala delle icone”, che conserva tele, statue, reliquiari e oggetti riferiti alle devozioni popolari. Attraverso il giardino botanico si raggiunge poi la sezione del “Tesoro Gonzaghesco”, con al centro un oggetto rarissimo a livello mondiale, il famoso Toson d’oro, onorificenza spagnola ricevuta dal duca Vespasiano Gonzaga.
Al piano superiore si trovano invece la sezione dedicata all’arte sacra contemporanea (che espone dipinti e sculture di artisti prevalentemente di ambito locale) e la sezione dell’intercultura, con oggetti inerenti varie religioni del mondo e le loro superstizioni, compresa quella cristiana.
La chiesa di S. Rocco, nella piazza omonima,ospita due sezioni staccate del Museo: quella dedicata a “povertà e martirio nell’arte locale”, con tele, statue, parati, documenti e reliquiari, e la sezione della musica, con gli strumenti dell’antico corpo bandistico della città e i relativi spartiti musicali. Gli oggetti esposti sono corredati di dicitura, mentre in ogni sala è presente una spiegazione di carattere generale in diverse lingue.